En el cónclave que siguió a la muerte del papa Inocencio XII, Clemente XI, fue elegido papa el 23 de noviembre de 1700. Uno de los eventos memorables de su administración, estuvo ligado a la controversia de los ritos chinos: a los misioneros jesuitas se les prohibió participar en ceremonias para rendir honor a Confucio o a los ancestros de los emperadores de China, lo cual Clemente XI identificó como idolatría. Los problemas políticos del momento afectaron las relaciones de Clemente XI con los grandes poderes católicos, y el prestigio moral de la Santa Sede sufrió mucho por el reconocimiento obligado de Carlos, Archiduque de Austria, como rey de España. Su carácter privado era irreprochable. También fue un gran conocedor de las letras y la ciencia.