Consciente de las negociaciones secretas de Kállay y temiendo que Hungría podría concluir una paz por separado, en marzo de 1944 Hitler lanzó la Operación Margarethe y ordenó a las tropas alemanas ocupar Hungría.Horthy fue confinado en el castillo de Budapest, en la práctica bajo arresto domiciliario, aunque se mantuvo como regente. Döme Sztójay, embajador húngaro en Berlín y ferviente partidario de los nazis, se convirtió en el nuevo primer ministro, tras rechazar Horthy la vuelta de Béla Imrédy, candidato favorito de los alemanes. Sztójay gobernó con la ayuda de un gobernador militar nazi, Edmund Veesenmayer. Horthy sopesó la posibilidad de dimitir, pero Hitler le amenazó con convertir Hungría en un protectorado alemán, ocupado con tropas croatas, eslovacas y rumanas si no se mantenía y plegaba a las directrices de Berlín. La idea de estos enemigos ancestrales en suelo húngaro fue visto como mucho peor que la de la ocupación alemana, cediéndose. Irónicamente, Hungría todavía mantenía varias divisiones en la frontera con Rumanía, mientras que las tropas de ambas naciones luchaban y morían juntas en el frente ruso. Después de que las tropas alemanas ocuparan Hungría sin encontrar ninguna resistencia comenzaron las deportaciones en masa de los judíos a los campos de exterminio alemanes en la Polonia ocupada. El infame coronel de las SS Adolf Eichmann fue enviado a Hungría para supervisar las deportaciones a gran escala, que contaron con el apoyo entusiasta de la gendarmería húngara. Entre el 15 de mayo y el 9 de junio, las autoridades húngaras deportaron a 437.402 judíos, de los que todos menos 15.000 fueron enviados a Auschwitz-Birkenau.
