A mediados del siglo XVI en Hispanoamérica estaban los españoles firmemente establecidos en México y en Perú. En estas colonias había un porcentaje importante de cristianos. Surgieron entonces reclamos para nombrar un tribunal de la Inquisición. El rey Felipe II por real cédula del 7 de febrero de 1569 creó los tribunales de la Inquisición en la ciudad de México y en Lima. La Inquisición fue una institución judicial creada por el pontificado en la edad media, con la misión de localizar, procesar y sentenciar a las personas culpables de herejía (opinión o doctrina contraria a la Iglesia). En la Iglesia primitiva la pena habitual por herejía era la excomunión. Con el reconocimiento del cristianismo como religión estatal en el siglo IV por los emperadores romanos, los herejes empezaron a ser considerados enemigos del Estado, sobre todo cuando habían provocado violencia y alteraciones del orden público.
