Comienza la guerra civil que enfrentara a los liberales y conservadores colombianos en una penosa y sangrienta contienda. El triunfo del candidato conservador en las elecciones de 1899 provocó el descontento de los liberales, que acusaron a sus rivales de fraude. El 24 de octubre siguiente se produce el primer enfrentamiento en la Batalla de los Obispos, en la cual son derrotados los liberales. En el combate de Peralonso sucedido el 15 de diciembre triunfan los liberales, pero son derrotados nuevamente en Palonegro, entre el 11 y el 25 de mayo de 1900. Para ese momento la lucha entre los bandos se traslada a cada ciudad y pueblo. Se suceden los asesinatos, las represalias y el éxodo de la población que huye de la violencia. El 21 de noviembre de 1902 ambos bandos firman un acuerdo de paz a bordo del buque norteamericano Wisconsin. La guerra provoca más de 100.000 muertes, incontables quebrantos económicos y la pérdida de la provincia de Panamá, que aprovecha la crisis de posguerra civil para independizarse con apoyo de los Estados Unidos el 3 de noviembre de 1903.
