Honduras se separó de la Federación centroamericana el 5 de noviembre de 1838 y se convirtió en Estado soberano e independiente. Sin embargo, en los decenios de 1840 y 1850 participó en varios intentos por restablecer la unidad centroamericana, que no dieron resultado, tales como la Confederación de Centroamérica (1842-1845), el Pacto de Guatemala (1842), la Dieta de Sonsonate (1846), la Dieta de Nacaome (1847) y la Representación Nacional de Centroamérica (1849-1852). Posteriormente al proceso independentista, la nación adoptó el título de República de Honduras. No obstante, el ideal unionista nunca se abandonó, y Honduras fue uno de los países centroamericanos que procuró con mayor interés el restablecimiento. Desde la independencia, casi 300 rebeliones internas han sacudido el país, guerras civiles y cambios del gobierno, más de la mitad de ellos durante el siglo XX. El panorama político cambió: los presos salieron de las cárceles, los desterrados regresaron a Honduras. La obra de gobierno fue amplia: Una Constitución de la República que incorporó la inviolabilidad de la dignidad humana y el respeto a los derechos humanos; se incluyó por primera vez la garantía de alternabilidad en el ejercicio de la presidencia. La legislación social incluyó el Código del Trabajo, Ley de Reforma Agraria, Ley de Seguridad Social, Ley de Emisión del Pensamiento, Ley de Fomento Industrial. Infraestructura vial, electrificación y construcción de la primera central hidroeléctrica de Río Lindo. La educación y la construcción de centros escolares fue prioridad del gobierno. La protección de la maternidad y la construcción de hospitales y centros de salud reflejó un incremento sustancial comparado con los gobiernos anteriores a la independencia.
