En 1827 una rebelión popular expulsa de la presidencia del Perú a Simón Bolívar. A partir de ese momento, los gobiernos peruanos son el más duro oponente a los planes bolivarianos de unidad continental. Diferencias limítrofes y aspiraciones de hegemonía sobre los territorios ecuatoriano y boliviano desencadenan la guerra. El 20 de junio de 1828 la Gran Colombia le declara la guerra a Perú. En un principio la contienda es favorable al ejército peruano, que avanza sobre territorio adversario y ocupa varias localidades, entre ellas la ciudad ecuatoriana de Guayaquil. Pero las tropas grancolombianas logran prevalecer tras meses de duros combates. La guerra termina en febrero de 1829 con la firma del Convenio de Girón.