El 6 de enero de 1873 fue asesinado por su sobrino, Agustín Morales Hernández, quien había llegado a la presidencia de Bolivia luego de haber derrocado a Mariano Melgarejo en 1872. El mandato de Morales fue considerado como ilegítimo por la forma en que había logrado llegar al poder. Gracias a la complacencia del Congreso Nacional Ordinario, logró finalmente alcanzar su designación constitucional. Tenía un temor obsesivo a la oposición y a la posibilidad de ser derrocado, por lo que vivía en permanente estado de recelo y desconfianza. A poco tiempo de clausurar el parlamento, atendiendo ciertas informaciones poco serias, acusó a sus inmediatos colaboradores de traidores, agrediendo a uno de ellos, el Coronel José Lavandez. Para impedir sus excesos, se interpuso su edecán y sobrino, el Tcnl Federico Lafaye, a quien también golpeó, e incapaz de soportar el ultraje, Lafaye tomó su revolver y disparó a quemarropa los siete proyectiles de su arma.
